Na počátku 20. století byly běžné mateřské školy, stejně jako celé tradiční školství, kritizovány. Kritika se obracela proti současné koncepci výchovy a vzdělávání v mateřských školách, proti mechanickému způsobu učení a donucovacím metodám – trestům. V důsledku reformních pedagogických teorií a hnutí ve 20.-30.letech minulého století začaly vznikat školy, které můžeme označit jako „alternativní“. Samotný pojem „alternativní škola“ je v různých zemích vysvětlován a chápán jinak, má mnoho významů, obecně jej však můžeme přirovnat k pojmům jako volná škola, netradiční škola či svobodná škola. Tento pojem označuje školu, která se nějakým způsobem odlišuje od standardní školy např. svou organizací školního života, metodami a formami vzdělávání. U nás je pojem „alternativní škola“ často pojen se soukromými školami, nemusí tomu být ale vždy tak. Tyto školy mohou být jak soukromé, ve kterých se platí školné za nabízené služby, tak i veřejné, jež jsou financovány z veřejných zdrojů.
Alternativní školy fungují na společných principech. Kladou důraz především na demokracii – svobodu a odpovědnost, humanismus a rovnoprávnost ve výchově a vzdělávání. V centru dění je zde dítě, výchova je zaměřena na všestranný rozvoj jeho osobnosti, nejvyšším cílem je však rozvoj aktivity a odpovědnosti dítěte. Můžeme mezi ně zařadit klasické alternativní školy podle Marie Montessori, waldorfské školy, Daltonský plán aj. či moderní alternativní školy. Zde můžeme z českých škol uvést např. Zdravou školu, Otevřené vyučování, Začít spolu a ze zahraničních např. Cestující školy, Školy bez ročníků… Mnohé mateřské školy v současné době nepřebírají celou koncepci těchto škol, ale využívají při výchově a vzdělávání dětí pouze některých jejich prvků.
Počet těchto alternativních MŠ v České republice narůstá a počet inovativních metod a přístupů MŠ se neustále zvyšuje. Mezi inovativní přístupy můžeme zařadit také např. lesní školy či Hejného metodu, která vede k rozvoji předmatematických schopností dětí předškolního věku. Metoda Hejného spolupracuje a má spojitost s již zmíněným vzdělávacím programem Začít spolu (podobné principy, konstruktivistický model vzdělávání).